Apresentação
Para o desenvolvimento das práticas propostas nesta apostila serão utilizados apenas dois softwares, operando em sistemas Linux:
Avogadro - O Avogadro é um software livre que realiza alguns cálculos simples (e.g. otimização de geometria). Em linha, o programa é uma excelente plataforma para a montagem dos arquivos de entrada e visualização dos arquivos de saída do GAMESS.
GAMESS - O GAMESS é um software livre que realiza cálculos de estrutura eletrônica e, consequentemente propriedades moleculares.
Objetivos
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Correlacionar os conceitos abordados na disciplina de Introdução à Química Quântica (IQF361) aos utilizados na Química Computacional.
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Explorar os recursos computacionais como ferramentas didáticas e de investigação na área da Química
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Realizar cálculos de estrutura eletrônica utilizando metodologias quanto-mecânicas diferentes (HF, DFT e MP2)
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Apresentar, ainda que superficialmente, alguns métodos teóricos de investigação
Como funciona?
De uma maneira geral, o Avogadro e o GAMESS funcionam da seguinte maneira:
1) Usa-se o Avogadro para preparar um arquivo de entrada que possa ser lido pelo GAMESS (*.inp)
2) O games "lê" o arquivo gerado pelo Avogadro a partir de uma instrução dada via terminal.
3) Usa-se o Avogadro para analisar o arquivo de saída, calculado pelo GAMESS (*.log).
Ciente da forma como os programas se correlacionam, há dois vídeos que podem facilitar as práticas propostas.
Para submeter seu arquivo de entrada, abra o terminal, navegue até o endereço onde seu arquivo de entrada está e digite:
rungms nomedoarquivo.inp 00 2 &> nomedoarquivo.log&
Observe, essa não é a maneira otimizada de submeter um trabalho, mas atende ao propósito destas práticas.